Okulumuz 1991 yılında Akdeniz İlçesi sınırları içinde, Gündoğdu Mahallesi Çiftçiler Caddesi'nde Mersin Fen Lisesi olarak eğitim öğretime başlamıştır. Mersin ilinin ilk fen lisesi özelliğini taşımaktadır.

Daha sonra Aygar Narenciye adına hayırsever işadamı Eyüp Aygar ile Milli Eğitim Bakanlığı arasında imzalanan 21.04.2011 tarihli protokol uyarınca okulumuzun şu anki binasının inşaatına başlanmıştır. 17.09.2012 tarihinde eğitim-öğretime açılarak 2012-2013 eğitim öğretim yılında yeni binasında faaliyet göstermeye başlamıştır. Halen bu binada eğitim öğretim faaliyetlerini sürdürmektedir.

 Okulumuz Mersin ili Yenişehir İlçesi Limonluk Mahallesinde 13.490 m2 alan üzerine kurulmuştur. Okulumuz bünyesinde 200 öğrenci kapasiteli (kız/erkek) Fatma Aygar Öğrenci Pansiyonu mevcuttur.

 Okulumuz açıldığı günden bugüne kadar tüm paydaşları ile üstün başarılara imza atmıştır.  ÖSYM'nin yaptığı sınavlar ile ülkemizin önde gelen üniversitelerine binlerce öğrenci yerleştirmiştir. En başarılı liseler sıralamasında yer almaktadır.  

Okulumuz Mersin'de LGS ile en yüksek puanla öğrenci alan okuldur.